1. Fondo antico: che comprende anche un incunabolo e 34 cinquecentine
n. 900 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 864 al 21/04/2022)
2. Biblioteca Circolante: agiografia, letteratura, cultura generale
n. 2.300 volumi (già oggetto di una specifica tesi di laurea)
3. Arte: collane, monografie, cataloghi di musei e mostre italiani ed europei
n. 15.000 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 10.180 al 21/04/2022)
4. Topografico lombardo: collane, monografie, cataloghi dei comuni della Provincia di Bergamo
n. 2.500 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 1.531 al 21/04/2022)
5. Fondo Pietro Garavelli: storia
n. 13.000 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 6.945 al 21/04/2022)
6. Religione
n. 350 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 164 al 28/02/2018)
7. Agiografia: santi, beati, fondatori di ordini e congregazioni religiose
n. 9.000 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 6.976 al 21/04/2022)
8. Spiritualità e teologia: dizionari, manuali, collane
8.1. Studi della Bibbia
n. 3.000 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 1.813 al 21/04/2022)
8.2. Storia ecclesiastica e diritto canonico:
n. 3.000 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 2.190 al 21/04/2022)
9. Musica: collane, monografie e dizionari
n. 1.000 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 966 al 21/04/2022)
10. Letteratura: collane, monografie e dizionari italiani ed europei per la maggior parte donati dalla Biblioteca dei PP. Gesuiti di Livorno
n. 20.000 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 18.671 al 21/04/2022)
11. Fondo Mariano
n. 1.800 volumi (in parte già catalogati e inseriti nella rete SBN: n. 1.067 al 21/04/2022)
12. Fondo libri stranieri (in lingua francese, inglese, tedesca, ungherese): romanzi, agiografia, spiritualità
n. 1.200 volumi
13. Fondo periodici
n. 30 riviste (in parte già catalogato e inserito in SBN)
